在软件合作开发合同中，著作权的归属是一项重要的内容。涉及著作权的归属问题应该涵盖以下几项内容：

　　(1)著作权归属于谁?合同中应该明确合作开发的软件的著作权是合作开发者共有还是由部分合作开发者享有。

　　(2)开发者拥有著作权的具体内容是什么?合同中应该明确拥有著作权的开发者都享有著作权的哪些权利，例如署名权、使用权、许可他人使用权和销售权。

　　(3)其他开发者对于合作开发的软件是否还享有其他权利?虽然合同中可以约定合作开发软件的著作权归属于某一开发者，但是对于其他开发者是否还有一定的权利，例如为了宣传的目的进行软件展示的权利或者在自己内部使用的权利等等。

　　(4)对于合作开发软件的升级开发的权利是如何约定的?软件开发完成以后即获得了著作权。但随着技术的进步和实际应用需求的变化，任何一个软件开发完成后都不会是一劳永逸的，软件是需要进行升级开发的。升级开发一方面可以修改以前版本的软件存在的缺陷，另一方面可以根据用户需求的反馈增加软件的功能或者根据技术的进步增加软件对系统软硬件环境的适应性。对于软件升级版本的开发是软件开发者的一种权利。因此，合作开发合同中应该明确软件升级版本开发的权利归属。

　　需要明确的是，《计算机软件保护条例》明确规定合作开发合同应该通过书面方式签订。如果没有签订书面合同，则很难界定清楚著作权的归属，一旦出现纠纷，就更无法证实当初的约定。此种情况下，只能按照无书面合同处理。